Na ÚSTR se snesla kritika z pera některých historiků. Bývalý ředitel Ústavu pro soudobé dějiny (1990-98) Vilém Prečan navrhuje, aby byl Ústav pro studium totalitního režimu zrušen a ta část peněz, které se tím ušetří, byla přesunuta na Ústav pro soudobé dějiny. ÚSTR měl podle řady kritiků malou "produktivitu práce". Nedokázal prý za dobu své pětileté existence vydat dostatek kvalitních historických prací.

Pak je ale třeba si také položit otázku, co za 23 let své existence vyprodukoval Ústav pro soudobé dějiny a další existující historické ústavy. Proč nejsou podrobně zpracovány dějiny KSČ, období 1945-48, monografie komunistických politů a další ožehavá témata?

Vedoucí oddělení pro výzkum transformace a migračních procesů po roce 1945 (už samotný název zní legračně) při Ústavu pro soudobé dějiny, historik Jan Kocián, v úvodním textu na webu ústavu napsal, že politika Národní fronty po roce 1945 byla pokusem o nápravu předválečného předválečného liberálního systému a směřovala k obnově demokratického systému. To by snad dnes nemohl nenapsat do své práce ani student prvního ročníku historie.

V hodinovém televizním pořadu věnovaném období 1945-48 se vyhnul kritice politiky NF v tomto období a ani slovem se nezmínil o tzv. Třetí pražské dohodě. Čelní čeští politici stran NF se na popud Klementa Gotwalda po volbách v roce 1946 sešli a dohodli na tom, že Slovenské národní radě seberou důležité pravomoci. Tím nejenže podrazili vítěze voleb na Slovensku, Demokratickou stranu, ale hlavně pomohli slovenským komunistům. To asi podle Jana Kociána byla cesta k obnově demokratického systému. Profesor Kocián nepovažoval za nutné se o takové bezvýznamné epizodě, jakou bylo Třetí pražská dohoda, televizním divákům zmínit.

Pak se ale nemůžeme divit, že jsme se dodnes kritického zpracování období 1945-60, jemuž se Kociánovo oddělení má věnovat, nedočkali. Polemika kolem ÚSTR a snaha o jeho likvidaci, jak ji navrhuje i Vilém Prečan, by nám neměla zakrýt fakt, že ostatní naše historické ústavy věnující se novodobým českým dějinám žádné mimořádné dílo obsahující kritické zkoumání celého období totality nevydaly.

Když Antoním Klimek vydal svůj Boj o Hrad, což byl výsledek jeho celoživotního bádání v Masarykově archivu, snesla se na jeho hlavu kritika některých historiků z těchto ústavů, kteří sami za celý svůj život nic pořádného nenapsali.