Rezignace ministryně školství Kuchtové na její post byla sice podle předsednictva strany zelených nevynucená a Kuchtová se tak rozhodla „zcela dobrovolně“, po počátečním klidu se posléze pět krajských organizací SZ vyjádřilo jasně na podporu Kuchtové a vyzývalo ji, aby neodstupovala. Dana Kuchtová však tyto výzvy nevyslyšela a podala rezignační dopis premiérovi. Médiím se potom vyjádřila tak, že „neví, proč musela odstoupit“, protože i jinde jsou problémy s čerpáním dotací z Bruselu, pouze u ní se tento problém výrazně medializoval. Navíc dodala, že by ji premiér údajně odvolal stejně, i kdyby svou rezignaci nepodala.

Současné levicové vzedmutí ve Straně zelených je navíc zřetelně směřováno jako ostrá kritika předsedy Bursíka. Ten si od dalšího člena vedení SZ Stropnického vysloužil kritiku za to, že se údajně zbavuje lidí, kteří pomohli SZ vyhrát volby. Stropnický se navíc zle obořil na ministra zahraničí Schwarzenberga, který údajně český stát reprezentuje v duchu tradic 19. století (zaniklého Rakouska-Uherska) a údajně ve své činnosti nevykazuje žádné „zelené“ prvky, takže, dle Stropnického, „program SZ si zcela jistě ani nepřečetl“.

Zdá se tedy, že nad dalším působením SZ v koalici s ODS a KDU-ČSL visí první mraky. Nespokojenost některých vedoucích představitelů SZ s vládní politikou se tak stává zřetelnější. Existují minimálně dva body, které se mohou ukázat jako problémové, a to další osud jaderní energetiky v Česku a otázka školného na vysokých školách. V koaliční smlouvě se o těchto problémech pomlčelo. V poslední době se objevily v tisku články o tom, že čekání na novou vládu po volbách 2010, která by posvětila další rozvoj jaderné energetiky, by mohlo být z časového hlediska velmi opožděné. Premiérem Topolánkem otevřené téma školného na konferenci rektorů k zahájení nového vysokoškolského roku může ovlivnit i výběr nového ministra školství po odchodu Dany Kuchtové.

Zdá se tedy, že i přes proklamovanou jednotu poslanců SZ v poslanecké sněmovně, kteří se postavili za setrvání zelených ve vládě, čeká Stranu zelených bouřlivá vnitrostranická diskuse. Ta se očekává již tento týden na setkání SZ v Brně. Bude proto zajímavé sledovat, zda hlasy požadující odchod SZ z koalice jsou skutečně ve výrazné menšině a zda se předsedovi strany Bursíkovi podaří současnou bouřlivou atmosféru ve SZ uklidnit. Důležité pro vývoj ve SZ je i to, zda Dana Kuchtová nezmění svou pozici a nepřidá se otevřeně k těm, kteří práci vedení SZ a zejména jejího předsedy kritizují.