Hlavní otázkou, kterou se Platón v dialogu Faidón zabývá, je problematika nesmrtelnosti duše, již obhajuje a dokazuje. Nejprve – s poukazem na skutečnost, že filosofie je odlučováním duše od těla – ústy Sokratovými tvrdí, že smrt ve své podstatě je radostnou událostí a že pravý filosof ji musí přivítat, neboť představuje definitivní naplnění toho, oč celý svůj život usiloval, tj. o odloučení duše od těla; teprve po smrti může duše poznat věci samy o sobě, může poznat ideje. Dotýká se zde tedy Platón, byť spíše okrajově, vztahu duše a těla a říká, že při skutečném filosofování by měl myslitel zásadním způsobem upozadit svou tělesnou složku, neboť ta jen klame duši a brání ryzímu poznání. Vždyť filosof je milovníkem moudrosti, nikoli těla!
Poté již přechází k traktaci vlastní problematiky nesmrtelnosti duše. Na základě poměru vzájemného vznikání a zanikání dokazuje, že živí se rodí z mrtvých a vice versa (podobně jako silnější ze slabšího apod.), a tudíž že duše přicházejí na svět z Hádu, kde předtím dlely. Přitom duše lidí, kteří o ně za svého života dbali a očišťovali je, přicházejí po smrti rovnou k bohům. Pokud by taková tvrzení o duši nebyla pravdivá, pak by bylo možno jen stěží obhajovat to, že učení vlastně znamená rozpomínání se (anamnesis). Skutečnost, že duše byla a měla schopnost myslet před narozením konkrétního člověka, Platón dokazuje na tom, jak subjekt, vida určitou věc, porovnává v mysli danou skutečnost s jejím dokonalým obrazem, tj. ideou a využívá při tom pojmu stejnosti. Pakliže jsme schopni uvádět ve vztah věci ze smyslových vjemů a stejnost, nutně z toho vyplývá teze o jsoucnosti duše před samotným tělesným narozením.
V dalších úvahách odhaluje, že duše spadá mezi jsoucna neviditelná, protože nedělitelná. Podobně totiž jako nelze nijakým způsobem nic změnit na krásnu či stejnosti, není možné nic přidat ani ubrat duši. Je-li však možno určité jsoucno dělit a upravovat, patří mezi jsoucna smysly vnímatelná. Proto je duše neviditelná. Má zároveň touž povahu jako ideje, jež jsou čisté, věčné a neměnné, což je důvod, proč se k nim duše touží navrátit.
Simmias, jeden z účastníků rozmluvy, pak vznáší námitku, zda duše nemůže být něčím na způsob harmonie. Sokrates mu oponuje s tím, že žádná duše, je-li harmonií, nemůže být účastna špatnosti, jinými slovy mít účast na neharmoničnosti, přesto však špatnost existuje. Dále by se harmonie – ve smyslu účinku správné hry na hudební nástroj – nikdy nevzepřela tomu, co jí dalo vzniknout; jednalo by se o vztah jednostranný a z hlediska harmonie pasivní. Leč duše (domnělá harmonie) se tělu (nástroji) vzpírá, staví se mu na odpor a snaží se je ovládnout. Proto duše nemůže být ničím na způsob harmonie, něčím dočasným a konečným.
Druhá závažná námitka, vznesená Kebétem, se týká toho, zda duše, ač trvalejší než tělo, přece po několikerém převtělení nehyne. Sokrates v odpovědi vychází z premisy, že charakter daného jsoucna je mu dán účastí na jsoucnosti příslušného charakteru; je-li tedy například něco krásné, je to z toho důvodu, že má účast v krásnu. To jej opravňuje k tvrzení, že příčinou vzniku dvou není spojení dvou jednotek, stejně jako vznik jednoho není důsledkem rozdělení dvou, vždyť každá jednotlivá věc vzniká nabytím účasti ve vlastní jsoucnosti každého jednotlivého jsoucna, v kterém má právě účast, jak již bylo řečeno. Každá věc chce zůstat sama sebou, malost malostí, velikost velikostí a při styku s opakem buď odchází, nebo hyne. To se zdá být v rozporu s tezí o poměru vzájemného vznikání a zanikání (zmíněnou výše), avšak rozpor se odstraní, odlišíme-li název od pojmu. Teze o poměru se týká názvu, zatímco teze o neslučitelnosti opaků pojmu; pojmy jsou obsaženy ve věci, již označujeme příslušným názvem. Opačná věc sama se nikdy nemůže stát opačnou sama o sobě, jak říká Sokrates. Rozliší proto pojmový druh (ideu) a jeho způsobu. Vezměme za příklad ideje čísel dva a tři, o nichž s jasností nelze říci, že by byly protikladné. Musí zde existovat něco, co způsobuje, že tyto dvě ideje nejsou slučitelné. Skutečností, jež je příčinou takové neslučitelnosti, je protiklad jejích způsob, tj. sudosti a lichosti.
Výše zmíněné úvahy Platónovi slouží k vytvoření podmínek pro důkaz týkající se nesmrtelnosti duše, který je pro celou práci stěžejní. Sokrates se táže Kébeta, co svým vniknutím do těla způsobí, že tělo bude živé. Dostává se mu odpovědi, že duše. Máme zde tedy dvojici duše a těla, o níž můžeme uvažovat jako o protikladné, a tudíž se vylučující. Způsobou duše je živost; ve chvíli, kdy tato duše vstoupí do těla, stane se živým. To vede nutně k tvrzení, že tehdy, když je duše v těle, má život, zemře-li, musí duše ustoupit, neboť její způsoba je se smrtí, jež ovládne tělo, v antagonistickém rozporu. Jak vypravuje Sokrates, duše nepřijme smrti ani nebude mrtva, právě tak jako číslo tři nebude sudé, a tak ani sama lichost, ani oheň nebude studený, a tak ani teplost v ohni obsažená.
Jak se tedy ukázalo, je duše nesmrtelná. Přesto však vyžaduje péče, spočívající v očišťování, které lze podle autora dialogu Faidón provádět nejspíše jen prostřednictvím filosofie. V eschatologických úvahách, jež předkládá na samotném konci spisu, ukazuje, že všechny duše jsou po opuštění těla vedeny daimóny na místo posledního soudu, během něhož se jim vyměří doba, kterou musejí prodlít v Hádu; pouze duše očištěné se – jak již bylo ostatně řečeno – dostanou přímo k bohům, čímž pro ně proces převtělování končí.
Takto svým přátelům v posledních okamžicích svého života Sokrates objasňuje, že pro něho není nižádnou těžkostí zemřít.