Prezident republiky Václav Klaus využil své pravomoci dané čl. 50 Ústavy České republiky a vrátil dne 4. května 2006 Poslanecké sněmovně zákon ze dne 21. dubna 2006 o veřejných neziskových ústavních zdravotnických zařízeních a o změně některých zákonů, který mu byl postoupen 21. dubna 2006.

Prezident republiky napsal předsedovi Poslanecké sněmovny Lubomíru Zaorálkovi dopis, ve kterém své rozhodnutí zdůvodnil:

„České zdravotnictví zásadní systémovou změnu v každém případě a co nejrychleji potřebuje. Zákon o veřejných neziskových ústavních zdravotnických zařízeních vracím, protože tuto potřebnou změnu nepřináší a protože k řešení vážných problémů českého zdravotnictví volí metodu špatnou. Zákon ve své logice znamená opuštění principů, na kterých se celá naše společnost – a s ní i zdravotnictví – vyvíjely od listopadu roku 1989, to je na úctě k soukromému vlastnictví, k pluralitě vlastnických vztahů, ke svobodné volbě lékaře a zdravotnického zařízení. Zákon v této své podobě zdravotnictví destabilizuje, zbytečně rozděluje lékaře a další zdravotníky, vyostřuje politickou atmosféru v zemi a zneklidňuje pacienty a celou českou veřejnost. Vytváří navíc falešný dojem, že se tzv. neziskovostí nemocnic řeší finanční krize zdravotnictví.

Zákon je odmítán nemalou částí zdravotníků (viz prohlášení a akce Krizového štábu lékařů, lékárníků a nemocnic a dalších sympatizujících zdravotnických organizací), setkává se s důrazným a zcela jednomyslným nesouhlasem krajských samospráv (viz dopis předsedy Asociace krajů České republiky E. Tošenovského ze dne 2. 5. 2006), byl drtivou většinou (57:5) zamítnut Senátem a odmítnut byl v podstatě i samotnou vládou v jejím usnesení ze dne 1. prosince 2004.

Vláda ve svém tehdejším stanovisku k poslaneckému návrhu zákona napsala, že "jde o návrh nepropracovaný, nekomplexní, mající četné věcné a legislativní nedostatky". Považovala ho za "nesystémový, dílčí krok", což je názor, který je oprávněný i nyní, kdy byl v průběhu dlouhého parlamentního projednávání zákon v řadě věcí pozměněn. Prostřednictvím tohoto zákona tolik potřebnou změnu systému zdravotní péče a jejího financování nelze zahajovat.

Vláda tehdy napsala dokonce i to, že by tento zákon "mohl vést k další eskalaci nehospodárnosti systému a neefektivnímu čerpání veřejných prostředků“.

Za „velmi problematickou“ vláda tehdy považovala „transformaci zdravotnických zařízení, jejichž zřizovatelem jsou kraje a obce, na veřejnoprávní zdravotnická zařízení přímo ze zákona, což lze považovat za zásah státu do samostatné působnosti krajů a obcí, který není v souladu s ústavním pořádkem". Toto sice v konečné verzi zákona už tak bezprostředně a přímo napsáno není, ale transformace zdravotnických zařízení na veřejná nezisková zařízení bude vynucena ekonomickým tlakem, kterým bude soukromý a jakýkoli další nestátní sektor více méně přinucen tento krok i bez zákonného příkazu učinit. Pro tyto subjekty to představuje radikální změnu podmínek jejich fungování, a to v podstatě bez jakékoli kompenzace. Žádnou náhradu za omezení jejich vlastnického práva zákon vlastníkům nepřiznává. Nevypořádává se ani s existencí zahraničních investorů v českých zdravotnických zařízeních a s možným zmařením jejich investic v důsledku platnosti tohoto zákona. To může vést k řadě mezinárodních arbitráží na jejich ochranu a ke vzniku problémů typu „Nomura“.

Je možné očekávat celou řadu dalších problémů. Mám např. k dispozici dopisy z léčeben dlouhodobě nemocných, ze kterých plyne, že se ty nemocnice, které na „veřejně neziskový“ model nepřistoupí, resp. které se nestanou součástí nově vytvořené sítě, ocitnou ve vakuu, že jim hrozí likvidace a že budou jejich pacienti vystaveni nebezpečí ztráty lékařské péče za dosavadních podmínek. Pouze nemocnice vyjmenované v zákoně mají zaručeny smlouvy se zdravotními pojišťovnami, ač je zřejmé, že v našich podmínkách žádná nemocnice zaměřená pouze na přímo platící klienty přežít nemůže.

Z ústavního hlediska je nepřijatelné i to, že se zákonem nepřiměřeně institucionalizuje postavení České lékařské komory, která touto cestou získává zákonný podíl na rozhodování ve věcech dostupnosti zdravotní péče.

Zákon zvýhodňuje veřejná nezisková ústavní zdravotnická zařízení a v podstatě vytváří nátlak na to, aby ostatní typy zdravotnických zařízení přešly na tuto formu. Tím je porušeno pravidlo zakotvené v odstavci 1 článku 11 Listiny základních práv a svobod. Ten stanoví, že "vlastnické právo všech vlastníků má stejný zákonný obsah a ochranu". Cílem tohoto zákona je však vytvoření výhodného prostředí pro existenci a provoz nemocnic pouze veřejného typu namísto toho, aby bylo vytvářeno vhodné prostředí pro všechny vlastnické formy.

Ze všech těchto důvodů vracím zákon Poslanecké sněmovně k novému projednání. Chci věřit, že se i ve vypjaté předvolební době poslanci nad předlohou zákona zamyslí věcně a nepředpojatě.“

V Praze dne 5. května 2006