K uvedené definici mám několikero výhrad. První: v jakém smyslu či na základě jaké typologie je možné komunistický režim v Československu se všemi jeho zvraty označit jako totalitní? V základních pracích o teoretickém vymezení totalitarismu, ať se jedná o práce Brzezinského, Friedricha nebo Arendtové, nikde nenalezneme doklad pro to, že léta sedmdesátá a osmdesátá lze za totalitní označit. Proto se vžil pro tuto dobu v akademické obci pojem posttotalitní či autoritářský stát, nikoli totalitní. Dokonce samotný konstrukt tzv. normalizace je vystavěn na negaci toho, co teoretikové za totalitní chápou. Je snad možné, aby totalitní stát nutil člověka pouze k tomu, aby navenek zachovával loajalitu a vnějškové ztotožnění se s režimem, ale na straně druhé nechával lidem tak volné pole působnosti ve volnočasových aktivitách jako husákovské Československo? Totalitní stát je přece vystavěn na vše pronikající moci, jež se snaží ovládnout veškerý život obyvatel, stejně tak oficiální i neoficiální.
Další námitka stojí na kritice sousloví „zkoumá zločinnou činnost“. Jakoby tu byla do práce tohoto historického ústavu zakódována předsudečnost. Proč tam nemůže být napsáno, že zkoumá činnost, bez onoho slova zločinnou? Vždyť se samozřejmě může ukázat, že ona činnost zločinnou byla, ale stavět to a priori takto není obhajitelné. Historik - ale nejen historik, jakýkoli vědec - nemůže o jádru svého bádání vyslovit výsledný soud, který by měl být až výsledkem jeho výzkumu. Čili jinými slovy historik nepochybně může a při studiu komunistického režimu mnohdy dojde k tomu, že komunistický systém vykazoval rysy zločinnosti či zločinný byl, jedná se však o závěr, vsunovat však toto slovo před počátek výzkumu je nepřijatelné.
Když se odvolám znovu na mnou zpočátku citovaný úryvek „nestranně hodnotí dobu nesvobody“, tak co tím je míněno? V čem je ÚSTR nestranný? Je nestranný v tom smyslu, že dobu vlády KSČ chápe nepředsudečně? Proč poté ale dobu charakterizuje dopředu jako nesvobodnou a KSČ jako zločinnou? Nebo je nestranný z hlediska náklonnosti k politickým stranám?
Nemohu si pomoci, ale ze základního vymezení Ústavu pro studium totalitních režimů mám ze shora uváděných důvodů pocit, že tato instituce tu není kvůli zkoumání minulosti a objevování nových vhledů na ni, ale spíše kvůli vyrovnání se s minulostí. Komunistickou minulost Československa soudí a dokonce už dávno možná odsoudila a nyní pouze zveřejňuje své verdikty. Tím samozřejmě nechci říci, že díky činnosti ústavu nevyplavou na povrch zajímavé skutečnosti - vždyť má ÚSTR přístup k mnoha dokumentům - ale jedná se spíše o instituci typu Úřadu dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu, než instituci vědní.