Plzeňská Pravda napsala v roce 1970 v článku Kdo to byl Jan Thoma?o prvním politickém vězni Husákova režimu v Západočeském kraji Janu Thomovi, že mu byly KSČ, socialismu a SSSR vždy cizí. Bylo to asi jediné pravdivé tvrzení z celého článku. Jan Thoma byl odsouzen za psaní, rozmnožování a šíření letáků v závodě Jaderného strojírenství Škoda Plzeň i mimo něj. V jednom z těchto letáků srovnával Thoma Husákovy názory na cenzuru s názory Adolfa Hitlera. Za šíření Krieglova projevu na květnovém plenárním zasedání ÚV KSČ v roce 1969 byl odsouzen na rok nepodmíněně. Komunističtí kolaboranti s okupační mocí se mu mstili ze jeho politické angažování v létech 1968-9.

Přestože komunisté oficiálně vyhlašovali právo na práci, po propuštění z vězení Jan Thoma práci nesehnal. Oslovil celkem 24 zaměstnavatelů, a přesto byl okamžitě stíhán pro příživnictví. Až když upozornil prokuraturu na příkrý rozpor mezi oficiální tezí o právu na práci a svojí situací, byl na příkaz prokurátora Anděla přijat u Pozemních staveb jako kopáč a později zde až do roku 1989 pracoval jako železobetonář. V roce 1977 jako první Západočech podepsal Chartu 77. Zpočátku se mu nelíbilo, že se Charta nechce prohlásit za opoziční hnutí. Pro podpis se rozhodl, až když Rudé právo otisklo článek Ztroskotanci a samozvanci a komunisté rozpoutali kampaň, která Chartě udělala reklamu.

Když okupační Rudá armáda na našem území umístila rakety s jadernými hlavicemi, podepsal Jan Thoma protestní petici. Když se ho estébaci ptali, proč nepodepsal petici proti americkým raketám, řekl jim, že ruské rakety míří na svobodný svět a americké na nesvobodný. Soudruzi jen nechápavě kroutili hlavami. V té době na něj nasadili 20 estébáků a několik svých agentů. Spis na Jana Thomu měl nakonec na 1600 stránek. Je třeba si také uvědomit, že po podpisu Charty 77 museli mimopražští disidenti odolávat velkému tlaku StB osamoceni. Jan Thoma byl neustále sledován a často vyslýchán. Jeho dceři nedal uliční výbor doporučení do školky ve Skvrňanech. Za války zde nechali chodit do školky i dceru popraveného odbojáře, říká Jan Thoma. V květnu roku 1989 spoluorganizoval shromáždění u pomníku padlých amerických vojáků. Ačkoliv byla tato akce nahlášena jako protifašistická, přesto nebyla povolena. Výsledkem byla pokuta 1500 korun .

Po roce 1989 se Thoma stal ředitelem Úřadu na ochranu ústavy a demokracie v Plzni. Dnes na rozdíl některých lidí považuje vývoj v posledních 20 letech převážně za pozitivní. Zprvu si myslel, že vzhledem ke stavu naší společnosti po 50 letech nesvobody bude situace o mnoho horší. V důchodu se mimo jiné zabývá také studiem historie a jeho znalosti mu může závidět mnohý profesionální historik. 20 let dokázal odolávat svodům a nátlaku všemocné StB. To jej staví po bok těch několika málo smrtelníků, kteří se dnes v Česku mohou pochlubit tím, že se dokázali otevřeně postavit proti komunistickému režimu.